Есть закон о местном самоуправлении, и все образования вроде сельского поселения и городского поселения создаются исключительно местными властями. Примерный аналог из СССР, это сельский совет или колхоз — в них могли входить разные территории и населенные пункты. Часто такие записи можно встретить в описаниях. Но административное деление на область, район и населенный пункт имеет приоритетное значение и изменения возможны только на федеральном уровне. Сельское поселение не может захватывать две части разных областей, хотя в него могут входить населенные пункты из разных районов.
Вывод: указывать городское и сельское поселение в паспорте не только не обязательно, но и не нужно. Областная администрация может хоть раз в год менять границы поселений. Границы районов сменить сложнее, области тем более, это входит в область совместного ведения федеральных и муниципальных властей, а полномочия муниципальных властей именно здесь и кончаются. Поэтому ориентируемся как и раньше на Административное деление:
область / автономная область / край / республика / город федерального значения, район, населенный пункт.

Для удобства и точности в реестр можно вносить геолокацию населенного пункта.
Это избавит от разночтений, хотя мне в рамках одного района одинаковых названий не встречалось.
Федеральная информационная адресная система
Неофициальная с более удобным поиском
geotree.ru — Удобная карта с интерактивным поиском районов, поселений и округов.
Административно-территориальное деление СССР
UPD: Есть нюанс между городским округом и городским поселением.
Например по классификатору город Владимир находится не в Владимирском районе, Владимирского района просто нет, а в городском округе в который входит ряд мелких населенных пунктов. Город Волгоград входит в городской округ, дословно — «городской округ город-герой Волгоград».
В Тверской области есть деревни с одинаковыми названиями в одном сельском поселении.